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答：《增值税暂行条例》第一条规定，在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。
《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第一条规定，在中华人民共和国境内（以下称境内）销售服务、无形资产或者不动产（以下称应税行为）的单位和个人，为增值税纳税人，应当按照本办法缴纳增值税，不缴纳营业税。
《国务院关于修改<中华人民共和国发票管理办法>的决定》（国务院令2010年第587号）第十九条规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。
根据上述规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，只有对外发生经营业务收取款项时才开具发票。贵公司收到科技部门给予的补贴款2000万元，不属于对外发生经营业务收取款项，不属于取得增值税的应税收入，不需开具发票。
另根据《财政部关于行政事业单位资金往来结算票据使用管理有关问题的补充通知》（财综〔2010〕111号）第五条规定，没有财务隶属关系事业单位等之间发生的往来资金，如科研院所之间、高校之间、科研院所与高校之间发生的科研课题经费等，涉及应税的资金，应使用税务发票；不涉及应税的资金，应凭银行结算凭证入账。
因此，贵公司只需开具加盖财务专用章的收款收据，科技部门凭银行结算凭证和收据进行账务处理即可。
来源：国家税务总局
编辑：胡芙